实验室注重多形式、多学科的交流与合作。如合作研究、研究人员的互访与讲学、联合培养研究生等。实施计划严格按照实验室及研究所的相关规定执行。

实验室与国内多家科研单位有着良好的合作关系。如中科院高能所、自动化所、地质所、地科院以及各大学等等。

实验室自成立以来，承担了多项国际合作项目。先后有来自美、英、法、德、芬兰、捷克、瑞典、日本等十余个国家的超过百名科学家来实验室开展合作研究工作。实验室与美国自然历史博物馆、洛杉矶自然博物馆、美国乔治华盛顿大学以及芬兰赫尔辛基大学等国外的科研单位有着长期、良好的合作关系，双方成员多次互访，共同申请项目，进行野外考察和研究以及培训研究生。

实验室已经招收了国内及国外包括法国、美国、加拿大、英国等国的科研人员进入博士后流动站，同时也接收了不同单位和相关专业的研究生和本科生做毕业论文。